1. Správní rada jmenuje výkonného ředitele agentury na základě seznamu kandidátů navrženého Komisí po zveřejnění výzvy k vyjádření zájmu v Úředním věstníku Evropské unie a v jiném tisku nebo na internetu.
Výkonný ředitel je jmenován na základě zásluh a doložených správních a řídících schopností, jakož i své odpovídající zkušenosti v oblasti chemické bezpečnosti nebo regulace chemických látek. Správní rada přijímá rozhodnutí dvoutřetinovou většinou hlasů všech svých členů s hlasovacím právem.
Správní rada může výkonného ředitele odvolat stejným postupem.
Před jmenováním je kandidát vybraný správní radou vyzván, aby co nejdříve učinil prohlášení před Evropským parlamentem a aby zodpověděl otázky poslanců Parlamentu.
2. Funkční období výkonného ředitele je pět let. Správní rada jej může jmenovat jednou opětovně na dalších pět let.